در پی تحریم جشنهای ۲۵۰۰ ساله از سوی امام خمینی (ره)، فضای سیاسی کشور به شدت متشنج شد و ساواک مراقبتهای خود را نسبت به فعالیت روحانیون مبارز تشدید کرد. این تحریم که در واقع واکنشی به سیاستهای فرهنگی و سیاسی رژیم پهلوی و نمایش وابستگی آن به قدرتهای خارجی بود، نقطه عطفی در تاریخ مبارزات روحانیون به شمار میرفت. امام خمینی (ره) با صدور این تحریم، خط مشی مبارزاتی خود را نه فقط در برابر سیاستهای داخلی رژیم، بلکه در برابر نمادهای هویتی و فرهنگی آن نیز اعلام کردند.
در چنین وضعیتی، آیتاللهالعظمی خامنهای بار دیگر در مرداد ۱۳۵۰ به ساواک مشهد احضار و مدتی در زندان لشکر خراسان بازداشت شد. این نخستین حلقه از زنجیرهای بود که در همان سال دو بار دیگر نیز تکرار شد؛ یکی در آبان ۱۳۵۰ که به بازداشتی کوتاهمدت در همان زندان لشکر خراسان انجامید و دیگری در ۲۱ آذر همان سال که به اتهام اقدام ضد امنیت داخلی به سه ماه حبس محکوم شد.
این بازداشتها اگرچه کوتاه بودند، نشانهای از حساسیت رژیم نسبت به فعالیتهای ایشان و شبکه روحانیون مبارز در مشهد بود. ساواک بهخوبی دریافته بود که جلسات درس و سخنرانی این روحانی جوان، تنها یک حلقه آموزشی ساده نیست، بلکه بستری برای گسترش اندیشه سیاسی و انقلابی در میان نسل جوان است.
پس از آزادی، آیتاللهالعظمی خامنهای فعالیتهای سیاسی ـ اجتماعی خود را نه تنها متوقف نکرد، بلکه گسترش داد. او بارها در جلسات هیئت انصارالحسین و مسجد نارمک تهران حضور یافت و سخنرانیهایی در موضوعات دینی و سیاسی ایراد کرد. جلسات درس و تفسیر او در مدرسه میرزاجعفر، مسجد امام حسن (ع)، مسجد قبله و نیز در منزلش در مشهد ادامه داشت. مخاطبان این جلسات طیف گستردهای را در بر میگرفتند: از دانشآموزان و دانشجویان تا طلاب جوان و گروههایی از اقشار گوناگون مردم. ایشان در این جلسات، آنان را با تفکر اسلام انقلابی و سیاسی آشنا کرده و ذهنها را برای مبارزهای فراگیر آماده میکردند.
نکته مهم این است که بسیاری از شاگردان و مخاطبان این جلسات، بعدها در اوج مبارزات در نقاط گوناگون کشور به آگاهیبخشی دست زدند و شبکهای از نیروهای مبارز را شکل دادند که در سالهای منتهی به انقلاب نقشآفرین شدند. گزارشهای جلسات سخنرانی و درس ایشان بارها از سوی مأموران امنیتی منعکس شده است. از نظر ساواک، افرادی، چون آیتالله خامنهای از مدرسان روشنفکر و انقلابی حوزههای علمیه تلقی میشدند که ضمن داشتن ارتباط با دانشجویان و جوانان، مروج اندیشههای مبارزاتی امام خمینی (ره) و خواستار آگاه کردن طلاب علوم دینی به مسائل سیاسی و اجتماعی بودند.
آنچه این فعالیتها را برای رژیم خطرناکتر میکرد، پیوند آنها با شبکهای گسترده از نیروهای مذهبی و سیاسی در سراسر کشور بود. آیتاللهالعظمی خامنهای با هوشمندی از ظرفیت مساجد، هیئتها و جلسات مذهبی برای انتقال پیام مبارزه استفاده میکرد؛ ابزاری که هم مشروعیت دینی داشت و هم به دلیل ساختار غیررسمیاش، ردیابی و کنترلش برای ساواک دشوار بود. این شیوه مبارزه، الگویی شد که بعدها بسیاری از روحانیون مبارز از آن الهام گرفتند و آن را در شهرهای گوناگون به کار بستند.
همین خط، با فعالیت در مساجد کشور از مشهد تا تهران و نیشابور و دیگر شهرها ادامه یافت. او با جابهجایی میان شهرها، نه تنها از فشار متمرکز ساواک میگریخت، بلکه دامنه نفوذ فکری خود را گستردهتر میکرد. این تحرک و پویایی، رژیم را بیش از پیش نگران میکرد.
در نهایت، در دی ۱۳۵۳ برای ششمین بار آقای خامنهای دستگیر شدند و این بار به زندان کمیته مشترک ضدخرابکاری در تهران منتقل شدند. به گفته خود ایشان، این دوره دشوارترین و سختترین وضعیت حبس ایشان بود. در حبس، اجازه ملاقات نداشتند و از وضعیت و محل حبس ایشان اطلاعی به خانوادهشان نیز داده نشده بود. این انزوای کامل، فشار روانی و جسمی مضاعفی را بر ایشان وارد میکرد؛ اما همانگونه که تاریخ نشان داد، این فشارها نه تنها ایشان را از مسیر مبارزه دور نکرد، بلکه عزم شان را راسختر کرد.
تجربه این بازداشتهای مکرر، از یک سو نشاندهنده عمق نفوذ و تأثیرگذاری ایشان در میان اقشار گوناگون جامعه بود و از سوی دیگر، گواهی بر سرسختی و پایداریشان در برابر فشارهای رژیم. زندان، برای آیتالله خامنهای نه نقطه پایان، بلکه ایستگاهی در مسیر مبارزهای طولانی بود که سالها بعد به یکی از ارکان اصلی انقلاب اسلامی تبدیل شد.