پیروزی انقلاب اسلامی پایان یک مبارزه طولانی بود، اما آغاز مرحلهای تازه و دشوار برای اداره کشور به شمار میرفت. در این مقطع، جمهوری اسلامی با چالشهای متعددی از جمله تشکیل نهادهای جدید، بحرانهای امنیتی، اختلافات داخلی و ضرورت ساماندهی ساختارهای سیاسی و دفاعی روبهرو بود. رهبر شهید انقلاب که سالها در صف نخست مبارزات علیه حکومت پهلوی حضور داشت، پس از پیروزی انقلاب نیز در مسئولیتهای مختلف سیاسی، امنیتی و فرهنگی ایفای نقش کرد و در شکلگیری و تثبیت نهادهای اصلی نظام جمهوری اسلامی سهم داشت. با ادغام دولت موقت و شورای انقلاب در سال ۱۳۵۸، رهبر شهید انقلاب به معاونت امور انقلاب وزارت دفاع منصوب شد و در کنار شهید مصطفی چمران به فعالیت پرداخت. همزمان، عضویت در کمیسیون امنیتی کشور نیز به ایشان واگذار شد؛ کمیسیونی که مسئول رسیدگی به بحرانهای امنیتی و نظامی در مناطقی همچون کردستان، گنبد و خوزستان بود.
اندکی بعد، شورای انقلاب مسئولیت سرپرستی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی را نیز به ایشان سپرد. در آن مقطع، سپاه هنوز در حال شکلگیری بود. رهبر شهید انقلاب در مدت مسئولیت خود تلاش کرد ضمن ایجاد هماهنگی میان نیروها، به انسجام و سازماندهی این نهاد نوپا کمک کند. پس از هجوم سراسری ارتش رژیم بعث عراق به خاک ایران و اشغال بخشهایی از آن، چند عملیات کلاسیک در دوران بنی صدر اجرا شد که با موفقیت همراه نبود.
بعد از ریاست جمهوری آقای شهید ایران و انتصاب ایشان به عنوان رئیس شورای عالی دفاع، ظرف هشت ماه یعنی از ۲۱ مهر ماه ۱۳۶۰ تا ۳ خرداد ماه ۱۳۶۱، سه عملیات بزرگ و موفق طریق القدس، فتح المبین و بیت المقدس انجام شد. یکی از علل موفقیت این عملیات در این مقطع که با هدایت شورای عالی دفاع به ریاست رهبر شهید انقلاب صورت گرفت، از بین رفتن اقدامات و مواضع اختلاف افکنانه بنی صدر در دوران قبل از آن بود. در واقع با تحول در فرماندهی جنگ و با هماهنگی بین سپاه و ارتش و با اجرای عملیات بزرگ، مناطق اشغال شده آزاد شد. تشکیل سازمان حفاظت اطلاعات ارتش جمهوری اسلامی ایران بعد از دستگیری عناصر حزب توده در ارتش در بهار ۱۳۶۲ مورد توجه قرار گرفت؛ لذا در مورخ اول آذر ۱۳۶۲، امام خمینی (ره) با پیشنهاد آقای شهید ایران مبنی بر تشکیل اداره حفاظت اطلاعات زیر نظر رئیس ستاد مشترک ارتش موافقت کردند.
در مورخ ۵ بهمن ۱۳۶۴، مسئولان سازمان حفاظت اطلاعات ارتش با حضرت آیت الله خامنهای (رضوان الله تعالی علیه) دیدار کردند و ایشان، کار سازمان حفاظت اطلاعات را مانند وظیفه دیده بانی توصیف کردند که یک لحظه عدم حضور او میتواند فرصت زدن ضربه را به دشمن بدهد. رهبر شهید انقلاب بالا بردن توان نظامی و لجستیکی نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران را یکی از کارهای مهم و راهبردی میدانست و بر همین اساس نیز از همان ابتدا انقلاب نگاه ویژه و بنیادین به افزایش توان نظامی داشتند. بعد از رحلت بنیانگذار نظام مقدس جمهوری اسلامی ایران حضرت آیت الله خمینی (ره)، آقای شهید ایران که بعنوان رهبر ایران انتخاب شدند دست از ارتقاء توان آفندی و پدافندی نیروهای مسلح ایران بر نداشت و بعنوان فرمانده کل قوا نیز راهبریهای نظامی و تسلیحاتی سپاه و ارتش با تمام وجود دفاع و حمایت دلسوزانهای انجام دادند. جلسات متعدد و کارشناسانه با فرماندهان عالی رتبه نظامی و امنیتی برای برطرف کردن موانع موجود در توان نظامی ایران و حمایتهای بی نظیر و راهبردی برای بالابردن عملیاتهای نظامی و اجرای رزمایشات ملی و بین المللی و به نمایش گذاشتن توان رزمی ایران در سطح منطقهای و فرا منطقهای و تبدیل ایران بعنوان نیروهای مسلح قدرتمند جزو دستاوردهای حکیمانه و دوراندیشانه آقای شهید ایران میباشد. جنگ ۱۲ روزه و بویژه جنگ ۴۰ روزه ایران با آمریکا و رژیم منحوس صهیونیستی که با شهادت رهبر عزیز ایران منجر شد. بار دیگر توان فوق العاده و کم نظیر عملیاتهای آفندی و پدافندی ایران اسلامی را به جهانیان نشان داد.
دفاع نیروهای مسلح ایران در پی حملات آمریکایی و صهیونیستی از جنس ترکیبی و با انواع موشکهای چند کلاهی و عبور از فوق پیشرفتهترین لایههای چند گانه پدافندی دشمن برگ جدیدی از توان بازدارندگی نظامی ایران را نمایانتر کرد. سیستم یکپارچه داخلی پدافندی کشور توانست پیشرفتهترین جنگندههای دنیا نظیر F-۳۵ و بیش از صدها پهپادهای هرمس، اربیتر، MQ۹ و... را ساقط و منهدم کند.
موفقیت ایران از ابتدا انقلاب اسلامی تاکنون توجه خاص خداوند متعال و اهل بیت عصمت و طهارت بوده و مردم ایران نیز مرهون تلاشهای هوشمندانه و مقتدرانه آقای شهید ایران هست که با درایت حکمرانی نوین نظامی و دوراندیشی ایشان، نیروهای مسلح توانستند بر فوق پیشرفتهترین امکانات و تجهیزات دشمنان آمریکایی و صهیونیستی فائق آیند و فصل جدیدی را در سیستم فرماندهی نظامی و عملیاتهای ترکیبی آفندی و پدافندی رقم زنند.