یکی از مهمترین شکافهای ایجاد شده در تاریخ انقلاب اسلامی، انشعاب مجمع روحانیون مبارز از جامعه روحانیت مبارز تهران بود که عملاً جریان خط امام را به دو دسته تقسیم میکرد. در آن ماجرا آیتاللهالعظمی خامنهای تلاش فراوانی کردند تا اختلافاتی بین نیروهای انقلاب شکل نگیرد، اما این به معنای آن نبود که از تکثر سیاسی حمایت نکنند. به همین دلیل بود که در نهایت از این تکثر حمایت کردند.
آیتاللهالعظمی خامنهای پس از قرار گرفتن در جایگاه رهبری نیز همچنان بر ادامه کار مجمع روحانیون مبارز تأکید داشتند و از حمایتهای خود از این تشکل دریغ نورزیدند! هر چند این مجموعه در مقاطعی تاریخی جفاهای فراموش نشدهای علیه رهبری خلق کرد که موجب واگرایی از رهبری شده است که اوج آن را میتوان در ماجرای فتنه ۱۳۸۸ مشاهده کرد.
«حجتالاسلام مجید انصاری» از اعضای فعال مجمع روحانیون مبارز خاطرهای از دیدار اعضای این مجمع با رهبری در همان ماههای ابتدایی آغاز زعامت ایشان نقل میکند که شنیدنی است: «همان سالهای ابتدایی رهبری آیتالله خامنهای و بعد از رحلت حضرت امام خمینی (ره)، همراه با اعضای مجمع روحانیون مبارز خدمت ایشان رسیدیم و در آن جلسه گزارشی از کار مجمع و اعضای مجمع ارائه شد و البته خود ایشان هم در زمان حضرت امام (ره) در جریان فلسفه تشکیل مجمع بودند. در آن ملاقات اعضای مجمع گفتند که در زمان حضرت امام (ره) با تأکید و تأیید ایشان مجمع تشکیل شده است و به تعبیری اعضا اشاره کردند که اگر ایشان مصلحت نمیدانند، این مجموعه میتواند نباشد. البته من دقیق به یاد ندارم، اما چیزی به این مضمون گفته شد... به نوعی میخواستیم نظر ایشان را در رابطه با مجمع بدانیم که ایشان فرمودند: «حتی اگر شما هم روزی تصمیم بگیرید نباشید و یا نبودید، من ترجیح میدهم جریانی راهاندازی شود که در واقع همین دو سلیقه و نظر وجود داشته باشد که افرادی که تمایل به این سلیقه دارند بتوانند با مجموعهای باشند.»
آیتاللهالعظمی خامنهای در دیدار جمعی از فضلای حوزه علمیه قم که در تابستان سال ۱۳۸۸ برگزار شد، به این ماجرا اینگونه اشاره میکنند: «من یک وقتی اینجا به خود آقای خاتمیـ همان وقت که ایشان وزیر بود و آمد پیش منـ گفتم ببین آقای خاتمی! اگر امروز یک جریان چپ در کشور وجود نداشت من لازم میدانستم یک جریان چپ به وجود بیاورم تا برآیند این دو حرکتـ [یعنی]حرکتی که آقای هاشمی و او شروع کردهـ یک برآیند معتدل باشد.»