در دوران پیش از ورود «کریستف کلمب»، سرزمینی که امروز هندوراس نام دارد، بخشی از قلمرو فرهنگی سرخپوستان آمریکای میانه به شمار میرفت. در غرب این منطقه، تمدن مایا برای سدهها شکوفا بود و شهر کوپان، مرکز فرمانروایی این تمدن در هندوراس بهشمار میآمد.
در سال ۱۵۲۴، اسپانیاییها به رهبری «هرناندو کورتز» از مکزیک وارد هندوراس شدند. کورتز، کریستوبال اولید را مأمور کرد تا بومیان را مطیع کند. اسپانیاییها طی دو دهه، بخشهای گستردهای از هندوراس را تصرف کردند، اما بومیان بهویژه قوم لمپیرا مقاومتی سرسخت نشان دادند و برخی مناطق شمالی، مانند پادشاهی میسکیتو هیچگاه به دست آنان نیفتاد.
پس از تسخیر، هندوراس به منزله بخشی از پادشاهی گواتمالا در امپراتوری اسپانیا جای گرفت و نزدیک به سیصد سال زیر فرمان اسپانیاییها بود. این کشور در سال ۱۸۲۱ از سلطه اسپانیا رهایی یافت، اما تا سال ۱۸۲۳ بخشی از مکزیک و تا سال ۱۸۳۹ عضوی از فدراسیون آمریکای مرکزی بهشمار میرفت.
کشف طلا در هندوراس، برای سالها این منطقه را به کانون دسیسه و درگیری تبدیل کرد. در سال ۱۵۳۷، آلونسو د کاسرس شهر کومایاگوا را بنیاد نهاد و مقاومت اسطورهای رهبر بومی، لمپیرا را سرکوب کرد. در همان سال، پدرو دِ آلوارادو، جانشین کورتز در گواتمالا، تمام مخالفان خود را از میان برداشت و هندوراس تحت نظارت فرمانداری گواتمالا قرار گرفت.
کومایاگوا در طول دوران استعمار، پایتخت این منطقه بود؛ هرچند رونق معادن اطراف گراسیاس چنان اهمیت یافت که در سال ۱۵۴۳، این شهر به مرکز دادگاه عالی بدل شد؛ دادگاهی که بر تمام آمریکای مرکزی نظارت داشت. اما بهمرور مشخص شد که ذخایر طلا و نقره به اندازهای که تصور میرفت، غنی نیستند؛ از اینرو، هندوراس بهتدریج شکوه و جایگاه نخستین خود را از دست داد و مقر دادگاه عالی به گواتمالا منتقل شد. هندوراس تا سال ۱۵۵۲ زیر نظر این دادگاه اداره شد و سپس بار دیگر تابع فرمانداری گواتمالا شد.
بهطورکلی، هندوراس به دلیل موقعیت راهبردی خود، همواره در معرض حملات کشتیها و دزدان دریایی انگلیسی، فرانسوی و هلندی قرار داشت. در اواخر قرن هفدهم، انگلیسیها در کنار رودخانه تینتو استقرار یافتند و بر کرانه شمالی آمریکای مرکزی ادعای مالکیت کردند که بعدها این مناطق به نیکاراگوئه واگذار شد.