بخشی از جامعه روشنفکری پیش از پیروزی انقلاب اسلامی که با عنوان «روشنفکری دینی» میتوان از آن یاد کرد، در مسیر مبارزه قدمهای مثبتی برمیداشت که همین امر موجب ارتباط سیدعلی جوان با این محافل بود. برای نمونه، آقای خامنهای در بهار ۱۳۴۹ در جهت عمق بخشیدن به روند نهضت اسلامی و تقویت بنمایههای عقیدتی مبارزه با رژیم پهلوی، سلسله جلساتی را پایهگذاری کرد که در آن ایده مبارزاتی خود مبنی بر تدوین جهانبینی و ایدئولوژی اسلامی را با دعوت از افرادی، چون مرتضی مطهری، سیدمحمود طالقانی، سیدابوالفضل زنجانی، مهدی بازرگان، اکبر هاشمیرفسنجانی، یدالله سحابی، عباس شیبانی و کاظم سامی به بحث و بررسی گذاشت. این سلسله جلسات به تدوین جهانبینی و ایدئولوژی اسلامی انجامید.
این نشستها در طول حیات سیاسی آقای خامنهای مکرر تکرار شده است. برای نمونه، در تابستان سال ۱۳۵۵ نشستی در منزل آیتالله خامنهای در مشهد برگزار شد که در آن بزرگانی، چون محمدحسین بهشتی، محمدجواد باهنر، اکبر هاشمیرفسنجانی، علی مشکینی، حسینعلی منتظری، احمد جنتی، سیدعبدالکریم موسوی اردبیلی، سیدمحمد خامنهای، محمد مومن، سیدحسن طاهری، عباس واعظ طبسی، محمدجواد حجتی کرمانی، محمدعلی موحدی کرمانی و مهدی ربانی املشی حضور داشتند. آن جمع قرار بود که در زمینه تدوین منشور اسلامی قدمهایی جدی بردارد. این نشستها با فاصلههای نامتوازنی تا پاییز سال ۱۳۵۶ در تهران و در منزل شهید باهنر تداوم یافت.
آیتاللهالعظمی خامنهای درباره آن جلسات میگویند: «سال ۱۳۵۶ به اتفاق جمعی از دوستان بنا بود جهانبینی اسلام را بنویسیم. بعد با تبعید بنده و بعضی دیگر از دوستان به ایرانشهر، جمع تقریباً متلاشی شد؛ لیکن بنا گذاشتیم کار را انجام دهیم. از جمله افراد این مجموعه، مرحوم شهید باهنر بود؛ به ایرانشهر آمد و گفت شما که اینجا کاری ندارید، این تحقیق را انجام دهید. دیدیم حرف خوبی است. بعد ایشان نکتهای گفت که بسیار مهم بود. کتاب تعلیمات دینی سال سوم و چهارم دبیرستان راـ که بهوسیله خود ایشان و یک جمع دیگر و با برنامهریزی مرحوم شهید بهشتی تنظیم میشدـ آورد و به من داد؛ گفت این را شما بخوانید، ببینید پایه معرفت دینی جوان دانشآموز ما چقدر است؛ فراتر از این، چشماندازی را در مسائل دینی تعریف کنید. کتاب را خواندیم، دیدیم مطالب خیلی خوب و باارزشی است. بنابراین، بر اساس آنچه امثال شهید بهشتی و شهید مطهری و دیگر بزرگان فکر و اندیشه اسلامی کار کردهاند، باید نوشت و گفت.»
یکی از دوستان آیتالله خامنهای در مشهد استاد محمدتقی شریعتی بود که ارتباط نزدیکی هم با پدر آقای خامنهای داشت. میزان محبت و علاقه ایشان به مرحوم شریعتی پدر را میتوان در پیامی که به مناسبت درگذشت ایشان صادر کردند، مشاهده کرد. در این پیام میخوانیم:
«بسماللهالرحمنالرحیم / درگذشت متفکر و محقق اسلامی، استاد محمدتقی شریعتی (قدسسره) را به همه دوستان، علاقهمندان، شاگردان و به ویژه بازماندگان ایشان تسلیت میگویم و رحمت و غفران الهی را برای آن فقید سعید مسئلت میکنم. این رادمرد دینی از پیشروان و پایهگذاران اندیشه «بازگشت به قرآن و نهجالبلاغه» و خود مفسر قرآن و مدرس و شیفته نهجالبلاغه بود. خدمت ارزنده او در تعلیم و تربیت اسلامی نسل جوان و مبارزه پیگیر و دشوار او با تفکرات الحادی، آن هم در هنگامی که روشهای مناسب برای این مقابله فکری و سیاسی کمتر شناخته شده و میدان در برابر تبلیغات گروههای الحادی وابسته، کاملا گشوده بود، یکی از صفات درخشان زندگی اوست.
همچنین مبارزات او در دوران نهضت ملی که تحرک سیاسی مردم در خراسان را جهت و محتوایی اسلامی میبخشید، سند افتخار دیگری در پرونده آن زندگی پربار و شرافتمندانه است. او که از خانوادهای روحانی برخاسته و سالها در حوزه علمیه مشهد مدارج علوم دینی را پیموده بود، بیشک یکی از پرسوزترین و مخلصترین اندیشمندان و مبلغان اسلامی بود که استحکام اندیشه را با نوآوری در روش، بههم آمیخته و برای نسل تحصیل کرده و بافرهنگ متاع فکری جذابی را ارائه کرد.
زندگی او سراسر به تعلم و تعلیم و در بهشتی از صفا و پاکدامنی گذشت؛ رحمت خدا بر او و حشرش با محمد و آل محمد (ص) باد که عمر را به عشق و ثناگویی آنان به سر آورده بود.
سید علی خامنهای / رئیس جمهوری اسلامی ایران»