شاید یکی از شهیرترین روشنفکران دینی که در دهه ۱۳۴۰ـ ۱۳۵۰ بیشترین ارتباط را با آیتاللهالعظمی خامنهای داشت، مرحوم «دکتر علی شریعتی» باشد. هر دو اهل مشهد بودند و آیتاللهالعظمی خامنهای از سالیان دور استاد محمدتقی شریعتی را میشناخت و همین شناخت با پدر واسطه آشنایی با پسر شد؛ به ویژه پس از آنکه شریعتی با مدرک دکترا از دانشگاه سوربون فرانسه در سال ۱۳۴۳ به ایران بازگشت و به تدریس در مدارس و در نهایت دانشگاه فردوسی مشهد مشغول شد. از سال ۱۳۴۷ بود که بنا به دعوت استاد مطهری برای سخنرانی در حسینیه ارشاد، پای شریعتی به محافل مذهبیـ روشنفکر تهران به طور جدی باز شد و سخنرانیهای او با استقبال جوانان و دانشجویان مواجه شد، هر چند این جلسات بیش از چهار سال ادامه نیافت و ساواک در سال ۱۳۵۱ آن را تعطیل کرد! آیتالله العظمی خامنهای در معرفی شریعتی میگویند: «دکتر شریعتی نیز زندگی اسلامی خود را در میدان مقاومت آغاز کرد و سپس به روشنگری و آگاهیبخشی روی آورد.»
بین دکتر شریعتی و آقای خامنهای مقارنتهای قابل ملاحظهای میتوان یافت که در برخی از خاطرات به آن اشاره شده است. برای نمونه، «سیدمحمد صدر» در خاطراتش نقل میکند: «در یکی از همین جلسات، وقتی دکتر صحبتش تمام شد، گفت: حالا (به قول معروف) من تریبون را در اختیار یک شخصیت بزرگ (با تجلیل فراوان) قرار میدهم. همه تصور کردند الان آقای مطهری سخن خواهد گفت، اما دیدیم که آقای خامنهای شروع به صحبت کرد و مشخص بود که این دو بزرگوار، بیشتر به هم نزدیکند، تا آقای مطهری و دکتر شریعتی.»
تعاملات آیتالله خامنهای وآقای شریعتی در فرصتها و به بهانههای گوناگونی صورت میگرفت و حاصل مباحث علمی نیز در جهتگیری مبارزات فکریـ سیاسی آن روزگار اثرگذار بود. یکی از این دیدارها در ۱۰ دی ۱۳۵۵ و همزمان با تاسوعای حسینی در منزل یکی از تجار و بازرگانان متدین تهرانـ حاج عباس تحریریانـ صورت گرفته که در آن جلسه تعدادی از چهرههای مذهبی و انقلابی دعوت بودند تا در روز تاسوعای ۱۳۹۷ هجری قمری، جلسهای برای زنده نگهداشتن یاد قیام سیدالشهداء (ع) برپا کنند. در این جلسه استاد مطهری، آقای خامنهای، دکتر شریعتی و دکتر مفتح به منظور صرف ناهار به منزل عباس تحریریان دعوت شده بودند. نشست چنین شخصیتهایی در ظهر تاسوعای حسینی برای دستگاه پهلوی و ساواک حساسیت ایجاد کرده بود. همین هم موجب شده که نسبت به خبرگیری از این جلسه حساس باشد و در انتها هم به این نتیجه برسد که این قبیل جلسات باید تحت نظر باشند؛ چرا که مورد توجه قشر روشنفکر و دانشگاهی قرار میگیرند.
آیتالله خامنهای همواره جزء حامیان شریعتی به شمار میآمد، به ویژه در زمانهای که شریعتی به مخالفت با اسلام و روحانیت متهم بود. این حمایت به واسطه پیوند و آشنایی و صمیمت او با شریعتی بود. خود ایشان اظهار داشته است: «من پیش از خیلی از کسانی که بعدها با پارهای از اشتباهات دکتر آشنا شده بودند به خاطر انس و آشنایی و صمیمیت و رفاقت نقطههای اشتباه را در اندیشه او مشاهده میکردم، لمس میکردم گاهی هم با هم بحث میکردیم، اما میدیدم که او چه میکند، لمس میکردم که او چه هنر بزرگی دارد به کار میبرد، نمای خارجی اسلام در دید طبقات تحصیلکرده و روشنفکر در آن روز یک نمای ضدروشنبینی بود. درست است که در سال ۱۳۴۲ و ۱۳۴۳ و چند سال بعد از مقاومت عظیمی که مردم به پشت گرمی و اتکاء حوزه علمیه کردند نظرها نسبت به اسلام تا حدود زیادی واقعبینانه شد، اما این معنایش این بود که اسلام مبارز است، اسلام مقاومت است، اسلام ضدظلم است. معنایش این نبود که اسلام ما را به پرواز بینهایتی، به سوی کشف و گشودن اندیشههای ناگشوده فکری و مقدس و انسانی و شریف سوق میدهد. این کار شریعتی توانست نسل جوان را یکجا و دربست به طرف مذهب و ایمان مذهبی بکشاند. اینکار را او به طبیعت خود میکرد و تصنعی در اینکار نداشت.»
نزدیکی و قرابت این دو تا آنجایی است که آیتالله شهید بهشتی در دفاع از مرحوم شریعتی متمسک به اظهارات آیتالله خامنهای میشود و نقل میکند: «برادر عزیزمان آقای خامنهای در یک مورد دیگر نقل کردند که با دکتر بحث کردیم درباره یک موضوعی که ایشان پذیرا بود؛ بنابراین یک انسان جستوجوگر، یک انسان کاوشگر، یک انسان پوینده، واقعاً باید آماده پذیرش آن چیزی باشد که به پویش سالم او کمک کند.»