رابطه آیتاللهالعظمی سیدعلی خامنهای و دکتر علی شریعتی نزدیکتر از آن بود که در قالب روابط رسمی بگنجد؛ زیرا آنقدر عمیق بود که تعلقات این دو کاملاً مشهود باشد. مرحوم حیدر رحیمپورازغدی از افراد شناخته شده مشهد که سالیان متمادی به فعالیت در عرصههای فرهنگی و سیاسی مشغول بوده و از دوستان نزدیک دکتر شریعتی و آیتالله خامنهای است. وی در ترسیم روابط این دو رفیق چنین نقل میکند: «آقای خامنهای و آقای شریعتی بیشتر با هم رفیق بودند تا اینکه بگویم با هم فقط ارتباط داشتند. آقای خامنهای از شریعتی نقد میکردند، چون فقیه بودند و حق هم داشتند که نقد کنند، چون اطلاعات فقهی و دینی شریعتی کافی نبود و لازم بود که آقای خامنهای ایشان را نقد کند... ما ۲۰ سال با هم رفیق بودیم و دائم با هم حرف میزدیم، بحث میکردیم. شریعتی میگفت که اگر در ایران چند روحانی همانند آقای خامنهای داشته باشیم، ایران اسلامی میشود.»
آقای خامنهای جزء اولین افراد در مشهد است که از مرگ دکتر شریعتی در ۲۹ خرداد ۱۳۵۶ آگاه میشود و برای عرض تسلیت به منزل پدری دکتر میرود. در آن لحظات اولین احتمال، شهادت دکتر شریعتی است و ماجرای سکته قلبی و نسبت آن با اعتیاد دکتر به سیگار گمانه است که بعدها مطرح میشود. مجلس ختم دکتر شریعتی در مسجد کرامت جزء اولین مراسمهایی است که برای بزرگداشت او گرفته میشود که بانی آن مراسم آیتاللهالعظمی سیدعلی خامنهای است. در اغلب مراسم متعددی که برای دکتر در مشهد برگزار میشود، ایشان حضور دارد. از منظری حتی ایشان صاحب عزا به شمار میآید؛ به گونهای که در آن تابستان مردم و بالاخص دانشجویان برای عرض تسلیت به دیدارش میروند و این از قرابت و نزدیکیاش به شریعتی حکایت دارد.
این رابطه عمیق موجب شد تا پس از مرگ شریعتی نیز به بهانههای گوناگون از او یاد کند و شخصیت او و حوادثی را که در پیرامونش شکل گرفت، تحلیل کند. آیتاللهالعظمی خامنهای در گفتوگو با ماهنامه «سروش» که در خردادماه سال ۱۳۶۰ شکل گرفته بود، به ماجرای جالبی اشاره میکنند و میفرمایند:
«من فراموش نمیکنم که در اوج مبارزات که میتوان گفت که مراحل پایانی قال و قیلهای مربوط به شریعتی محسوب میشد، امام در ضمن صحبتی بدون اینکه نام از کسی ببرند، اشارهای کردند به وضع شریعتی و مخالفتهایی که در اطراف او هست. نوار این سخن همان وقت از نجف آمد و در فرونشاندن آتش اختلافات مؤثر بود. در آنجا امام بدون اینکه اسم شریعتی را بیاورند اینجور بیان کرده بودند: (چیزی نزدیک به این مضمون) بخاطر چهار تا اشتباه در کتابهایش بکوبیم، این صحیح نیست این دقیقا نشان میداد موضع درست را در مقابل هر شخصیتی و نه تنها شخصیت دکتر شریعتی. ممکن بود او اشتباهاتی بعضا در مسائل اصولی و بنیانی تفکر اسلامی داشته باشد مثل توحید، یا نبوت و یا مسائل دیگر، اما این نباید موجب میشد که ما شریعتی را با همین نقاط منفی فقط بشناسیم.»
آیتاللهالعظمی خامنهای، رهبر معظم انقلاب در مراسم سومین سالگرد فوت شریعتی که در مسجد اعظم قم برگزار شد، به اختلافات بیهودهای که پیرامون شریعتی شکل گرفت و موجب تخریب چهره وی در جمع مذهبیون شد، اشاره کردند و فرمودند:
«دشمن در آن وقت خوب فهمید که به کجا تکیه کند. نقش اختلافافکنی و در این نقش دشمن یکجانبه بازی نکرد، بلکه دو جانبه بازی کرد. از دو طرف دو جناح و دو جبهه را به جان هم انداخت. کسانی را به بهانه اشتباهات شریعتی آنچنان برانگیخته کرد که حاضر شدند بگویند این حتی دین ندارد، سنی بودن پیشکش، چون چیز خیلی کمی بود، معتقد به الله و معتقد به نبوت هم نیست.
متقابلاً عدهای را وادار میکردند که بیایند به مردم و جوانها بگویند بفرمایید اسلام یعنی این، مسلمانها یعنی این، روحانیت یعنی این، تبلیغ اسلامی حوزه علمیه یعنی این که این اندیشهها و این آرمانها و این هدفها و این سوز و این گداز را بیدینی میداند؛ و بازی گرفت و به طور فاجعهآمیزی هم گرفت و آن کسانی که در این میانه میایستادند و به دو طرف هشدار میدادند به یک طرف میگفتند بابا برای اشتباهات کوچک برای خطاها و لغزشهای قابل اغماض اصالتها و ارزشهای بزرگ را فراموش نکنید و به قول خود شریعتی مجازات را به قدر گناه بدهید و نه بیشتر، او خودش هم میگفت من اشتباهاتی دارم، اما مجازاتی که بعضی از آقایان برای من در نظر میگیرند صدبرابر بزرگتر از اشتباه من است. اگر صد برابر بزرگتر نبوده ده برابر بزرگتر بود و به این طرف بگویند موضع عکسالعملی انفعالی پیدا نکنید.»